No dia 12 de agosto de 1798, os baianos foram surpreendidos com manifestos manuscritos afixados nas paredes e muros das casas, igrejas e lugares públicos de Salvador. Eles anunciavam a chegada da liberdade e da revolução. "Animai-vos, Povo Bahiense, que está por chegar o tempo feliz da nossa liberdade: o tempo em que todos seremos iguais", apregoava um dos manifestos. Outro boletim – "Aviso ao Clero e ao Povo Bahiense" – trazia o programa da revolução: igualdade de todos perante a lei, independência da capitania, proclamação da "República Bahiense", abolição da escravidão, liberdade de comércio, aumento do soldo da tropa e protestos contra os altos tributos.
A repressão ao movimento começou imediatamente. Os manifestos foram arrancados e levados ao governador, que chegou a receber uma carta dos conjurados pedindo sua adesão. O primeiro a ser preso foi o escrevente Domingos da Silva Lisboa, cuja letra era semelhante à dos panfletos. No entanto, novos manuscritos apareceram e as suspeitas recaíram sobre o soldado Luís Gonzaga das Virgens, conhecido por gostar de ler e escrever, por seus ofícios enviados às autoridades e por sua pregação revolucionária. O soldado foi preso e em sua casa foram encontrados manuscritos de documentos revolucionários e cartas comprometedoras. Preocupados que Luís Gonzaga não resistisse aos interrogatórios, os outros conjurados tentaram libertá-lo, mas foram traídos por alguns delatores. Casas foram invadidas e pessoas torturadas. Pelos manifestos colados nos muros das casas de Salvador, 699 pessoas estavam envolvidas na conspiração, mas somente 49 foram presas, a maioria das classes populares: alfaiates, sapateiros, soldados e escravos, todos muito jovens.
Poucos membros da loja maçônica Cavaleiros da Luz foram presos, entre os quais Cipriano Barata, Muniz Barreto e Aguilar Pantoja, que receberam penas brandas. A maior parte da elite ilustrada escapou ilesa.
Após as prisões veio a devassa judicial, que indiciou 34 réus. Vários deles eram alfaiates, o que fez com que a Conjuração Baiana ficasse conhecida como Conjuração dos Alfaiates. Por ordem expressa de D. Maria I, os conjurados foram punidos severamente. João de Deus Nascimento, Manuel Faustino dos Santos, Lucas Dantas e Luís Gonzaga das Virgens foram enforcados e esquartejados. Os outros condenados permaneceram presos ou foram degredados. Os delatores receberam prêmio por sua lealdade à Coroa portuguesa.
