Em 1580, instalou-se uma crise sucessória em Portugal. Em 1578, o rei Dom Sebastião I morrera na batalha de Alcácer-Quibir, contra os mouros, no Marrocos, norte da África, não deixando herdeiros. Assumira o trono português, como regente, o cardeal Dom Henrique, seu tio-avô, que morreu em 1580. Extinguia-se com ele a dinastia de Avis.

Vários candidatos, por ligações de parentesco, apresentaram-se para a sucessão. Felipe II, rei da Espanha, por ser neto de Dom Manuel, o Venturoso, e tio de D. Sebastião, julgava-se o candidato com mais direito ao trono português. Assim, as forças espanholas invadiram Portugal, em 1580, e Felipe II tomou a Coroa portuguesa, unindo Portugal e Espanha. Esse fato ficou conhecido como União Ibérica, que se estendeu até 1640.

O período da União Ibérica marcou uma mudança na orientação da política de colonização do Brasil, até então baseada, principalmente, na ocupação da costa do pau-brasil. A conquista do litoral oriental tornou-se extremamente importante para a metrópole espanhola, como forma de ampliar a cultura canavieira e, também, facilitar a penetração e ocupação do norte do território. Essas medidas demonstravam a preocupação da Coroa espanhola em consolidar sua presença nessa parte do Brasil e evitar a ocupação estrangeira.

As alianças entre franceses e grupos nativos hostis aos portugueses tanto ameaçavam quanto dificultavam a expansão da atividade açucareira no litoral oriental.

Potiguaras e franceses que traficavam pau-brasil e âmbar ameaçavam a capitania de Itamaracá. A ampliação dos limites da região açucareira só foi possível a partir da fundação da cidade de Filipeia de Nossa Senhora das Neves, por Frutuoso Barbosa, em 1584, e a conquista definitiva da Paraíba por Martim Leitão, nos três anos seguintes.

A necessidade da ligação terrestre entre os dois principais núcleos da colônia – Bahia e Pernambuco – levou à conquista do território ocupado pelos caetés e frequentado por franceses. Realizou-a Cristóvão de Barros, que fundou, em 1590, a cidade de São Cristóvão do Rio Sergipe, núcleo irradiador da ocupação de Sergipe. Essa região ficou subordinada administrativamente à capitania da Bahia de Todos os Santos.

Seguindo em direção ao norte, agora sob o comando de Manuel Mascarenhas Homem, colonizadores e colonos empreenderam a conquista do Rio Grande, onde também ocorria uma aliança entre nativos e franceses. No início de 1590, às margens do Rio Potengi, Mascarenhas Homem ergueu o Forte dos Reis Magos, origem da cidade de Natal e ponto de partida da ocupação da quarta capitania real: Rio Grande.

No fim do século XVI, os núcleos de São Vicente e Natal eram os pontos extremos da ocupação na América portuguesa. Entretanto, essa era uma ocupação por pontos, interpondo-se o vazio entre eles.