Nos meses seguintes ao regresso de D. João VI, tiveram lugar, no Brasil, as eleições dos deputados das províncias para as Cortes de Lisboa. Como membro do Reino Unido a Portugal e Algarves, o Brasil tinha o direito de nomear representantes para as Cortes. Foram eleitos cerca de 70 deputados, quase todos nascidos no Brasil, mas apenas 49 foram para Lisboa. Muitos decidiram não ir, como os representantes de Minas Gerais. Entre os que viajaram estavam nomes conhecidos e importantes, como Cipriano Barata e Muniz Tavares, que haviam participado da Revolução Pernambucana de 1817, Antônio Carlos Ribeiro de Andrada, o padre Diogo Antônio Feijó e Nicolau Campos Vergueiro.
Os deputados que foram a Portugal acreditavam na face liberal da Revolução do Porto. Em sua maioria, defendiam a união com Portugal por meio de uma monarquia dual, o que significava que Brasil e Portugal teriam igualdade jurídica, política e administrativa.
A bancada paulista, integrada por seis deputados, foi orientada por um documento redigido por José Bonifácio de Andrada e Silva: "Instruções do Governo Provisório de São Paulo aos Deputados da Província às Cortes Portuguesas". Este documento, longe de revelar intenção separatista, destacava as vantagens da união entre Portugal e Brasil, desde que fossem asseguradas as condições de igualdade entre os dois. Defendia também a preservação das vantagens conquistadas pelo Brasil desde 1808 e a igualdade de direitos políticos e civis entre cidadãos de Portugal e do Brasil.
No entanto, as Cortes, reunidas desde janeiro de 1821, trabalhavam pela recolonização. Muito antes da chegada dos deputados brasileiros eleitos, já haviam aprovado as bases da futura Constituição, convertida em decreto em 9 de março do mesmo ano. Insatisfeitas com a permanência do príncipe D. Pedro no Brasil, tomaram várias medidas para enfraquecer seu poder, pressionando-o a voltar para Portugal, propiciando, assim, a recolonização.
No dia 24 de abril, outro decreto declarava os governos provinciais independentes do Rio de Janeiro, subordinando-os diretamente a Lisboa. Por este decreto, a autoridade do príncipe regente ficava restrita ao Rio de Janeiro. A partir de julho, uma série de medidas com relação ao comércio deixava clara a intenção de diminuir os privilégios concedidos aos comerciantes estrangeiros, principalmente ingleses, restabelecendo os interesses comerciais portugueses. Em setembro, foram fechados e transferidos para Portugal os órgãos administrativos estabelecidos no tempo de D. João: o Desembargo do Paço, a Mesa da Consciência e Ordens, o Conselho da Fazenda, a Junta do Comércio e a Casa da Suplicação.
Os deputados enviados pelo Brasil chegaram a Lisboa entre agosto e setembro de 1821 e quase nada puderam fazer. Inferiorizados numericamente, não conseguiam defender suas propostas nem evitar a aprovação das medidas recolonizadoras, pois eram impedidos de falar pelos deputados portugueses e vaiados pela multidão reunida nas galerias. Desejavam – e defendiam – a união, como declarava Muniz Tavares, exaltando a Revolução Constitucionalista: "A voz da independência, senhores, desapareceu no Brasil logo que raiou no horizonte de Portugal o novo astro". No entanto, não demoraram a perceber que as Cortes queriam colocar o Brasil em posição de subordinação a Portugal.
Entre setembro e outubro, determinou-se a volta de D. Pedro, sob a justificativa de que o príncipe precisava completar sua educação para um dia ocupar o trono português. Governadores de armas foram nomeados para cada província, com poderes administrativos superiores aos das juntas administrativas locais. Novas tropas, fiéis às Cortes, foram enviadas para o Rio de Janeiro e Pernambuco, e transferidas para Portugal as que estavam ligadas a D. Pedro.
Ficava cada vez mais claro que as Cortes tentavam fazer com que o Brasil voltasse à condição de colônia, restabelecendo a situação anterior ao período em que D. João permanecera no Rio de Janeiro.
Os decretos recolonizadores das Cortes provocaram profunda insatisfação no Brasil. Durante o ano de 1821, marcado pelos trabalhos constitucionais, a agitação e o descontentamento cresceram. As atitudes das Cortes, recusando a paridade plena dos dois reinos, demonstravam ser impossível uma monarquia constitucional para o Reino Unido. Segundo a historiadora Emília Viotti da Costa, "à medida que as decisões das Cortes portuguesas relativas ao Brasil já não deixavam lugar para dúvidas sobre as suas intenções, crescia o partido da Independência".
O príncipe D. Pedro enfrentava sérias dificuldades financeiras decorrentes do esvaziamento do Banco do Brasil, pois D. João, ao retornar a Lisboa, levara quase todo o dinheiro do Banco.
Em 11 de dezembro de 1821, chegaram ao Rio as novas notícias vindas do Reino. Ordens expressas de Lisboa determinavam o regresso de D. Pedro a Portugal: "As Cortes Gerais Extraordinárias e Constituintes da Nação Portuguesa, havendo decretado em data de hoje a forma do governo e administração pública das províncias do Brasil, de maneira que a continuação da residência do príncipe real no Rio de Janeiro se torna não só desnecessária, mas até indecorosa à sua alta hierarquia. (...) têm resolvido o seguinte: que o príncipe real regresse quanto antes para Portugal".
A partir deste momento manifestações de protesto contra a volta do príncipe e contra as decisões das Cortes não pararam de crescer no Rio de Janeiro. Inúmeros jornais, como o Reverbero Constitucional Fluminense, o Despertador Brasiliense, A Malagueta, além de folhetos e outros impressos, criticavam a volta do príncipe e acusavam as Cortes de querer efetivamente reduzir o Brasil à situação de colônia. Comentava-se nas ruas: "Se a Constituição é fazerem-nos mal, leve o diabo tal coisa".
