Diante da grave situação envolvendo riscos e ameaças que piratas e contrabandistas franceses, em especial, ofereciam, ocupando espaços nas terras do entorno da Baía de Guanabara, do enfrentamento e dos ataques às caravelas lusas que com eles cruzassem pelo mar afora, El Rey D. João III agiu. Buscando uma nova estratégia, instituiu, em 1548, por meio de um regimento, o governo-geral, que significava uma ampla ação: dava “favor e ajuda”, tão solicitados, aos donatários, e centralizava o poder, organizando administrativamente a América portuguesa.
Naquele momento, não se tratava de acabar com as capitanias e muito menos com o sistema dos capitães donatários (representantes do rei nas terras do além-mar) – apesar de o governador-geral ter assumido algumas funções anteriormente desempenhadas pelos donatários. O objetivo era o de lhes prestar apoio e coordenar esforços para que pudessem enfrentar os inúmeros problemas (novos e recorrentes), como o daqueles renegados franceses (como Portugal chamava) que, usando o caminho das águas, alcançavam as terras litorâneas, usurpando e saqueando o que Portugal entendia como seu.
Contudo, as ações atribuídas ao governo-geral faziam todo o sentido diante da complexa cena política europeia: tempos do Absolutismo e dos movimentos decorrentes do surgimento do protestantismo – motivo da vinda de padres da Companhia de Jesus, como Manuel da Nóbrega (1517-1570), encarregados da catequização dos índios e de consolidar, também pela fé, o domínio territorial da América portuguesa. Nesse sentido, a cruz e a espada prosseguiam associadas.
