De modo a inserir o índio no processo de colonização, os portugueses recorreram a três métodos. O primeiro consistia na escravização pura e simples, na base da força, empregada normalmente pelos colonos. O outro criava um campesinato indígena por meio da aculturação e destribalização, praticadas primeiramente pelos jesuítas e, depois, pelas demais ordens religiosas. O terceiro buscava a integração gradual do índio como trabalhador assalariado, medida adotada tanto por leigos como pelos religiosos. Durante todo o século XVI e início do XVII, os portugueses aplicaram simultaneamente esses métodos. Naquele momento consideravam a mão de obra indígena indispensável aos negócios açucareiros.
A Coroa portuguesa ficava dividida. Considerando os indígenas como súditos, era legal e moralmente inaceitável escravizá-los. Mas a realidade ditava-lhe essa necessidade. O valor da colônia centrava-se, cada vez mais, na grande produção açucareira, e esta, para ser lucrativa, exigia um grande contingente de trabalhadores escravos. Como no Brasil havia grande possibilidade de utilizar o indígena como mão de obra, e os senhores de engenho não dispunham de recursos suficientes para importar africanos, a melhor opção era mesmo usá-la.
Assim, a Coroa portuguesa, apesar de ter começado a criar, em 1570, uma legislação para proibir a escravização indígena, deixou suficientes brechas na lei para não extingui-la de vez, o que afetaria a produção açucareira e, consequentemente, reduziria seus lucros.
O período de 1540 até 1570 marcou o apogeu da escravidão indígena nos engenhos brasileiros, especialmente naqueles localizados em Pernambuco e na Bahia. Nessas capitanias, os colonos conseguiam escravos índios roubando-os de tribos que os tinham aprisionado em suas guerras e, também, atacando as próprias tribos aliadas. Essas incursões às tribos, conhecidas como "saltos", foram consideradas ilegais tanto pelos jesuítas como pela Coroa. Mas o interesse econômico falou mais alto e, dessa forma, fazia-se vista grossa às investidas.
O regime de trabalho nos canaviais era árduo. Os jesuítas pressionaram a Coroa e conseguiram que os senhores dessem folga aos índios aos domingos, com o objetivo de que assistissem à missa. Mas, esgotados pelo ritmo de trabalho, eles preferiam descansar ou ir caçar e pescar, como forma de suplementar sua alimentação. Muitos senhores não atenderam a essa determinação régia e os índios continuaram trabalhando aos domingos e dias santos. Tentando resolver essa situação, os jesuítas intensificaram as ações contra a escravidão, promovendo intenso programa de catequização nos pequenos povoados e aldeias da região.
