Tendo recebido a missão de desarticular a França Antártica, Mem de Sá (1500-1572) agiu. Em 15 de março de 1560, uma expedição militar organizada pelo governador atacou os franceses. Destruindo o Forte de Coligny, expulsou os invasores temporariamente da região da Baía de Guanabara. A falta de água doce influenciou a fuga dos sitiados a bordo de canoas. Relatos descrevem números imprecisos dos participantes desse embate. O padre Manuel da Nóbrega (1517-1570), que desembarcou em 1549 com a missão de evangelizar os nativos, presenciou os combates, e calculou em 60 os franceses, somados a 800 índios (sobretudo tamoios).
Para o governador-geral Mem de Sá, que enfrentava os entrincheirados, chamados por ele de desclassificados, seriam “116 franceses apoiados por mais de mil índios”. Eram pontos de vista nem sempre coincidentes, diante das refregas acontecidas nas batalhas campais e naquelas travadas pelos interesses econômicos e religiosos.
Se a vitória das forças comandadas por Mem de Sá desmantelou a Fortaleza de Coligny e dispersou seus derradeiros habitantes, não foi suficiente para encerrar a presença desses estrangeiros na região. Os súditos do rei francês fugiram para as matas que cercavam a Baía de Guanabara, ocupando a Ilha de Paranapuã (atual Ilha do Governador – chamada de Ilha do Gato, pelos reinóis). Mas prosseguiram as hostilidades e os enfrentamentos dos índios tamoios contra seus inimigos portugueses e contra outras tribos, como a dos tupiniquins. Nenhum sinal de paz desenhava-se no horizonte da Guanabara.
