Internacionalmente, as críticas quanto à situação sanitária do Rio de Janeiro se acumulavam, sendo uma grave questão que preocupava a população e as autoridades republicanas. Estatísticas apontam que, até 1905, a taxa de mortalidade superava a de natalidade no Rio de Janeiro. Isso acontecia, especialmente, em razão das inúmeras doenças que se espalhavam pela população, pois não existia um sistema de saneamento eficiente.
A febre amarela apareceu na cidade em 1849 e chegou a dizimar, aproximadamente, quatro mil pessoas, segundo a historiadora Armelle Enders. Naquela época, o governo atribuiu a situação ao desembarque de escravos no porto da capital do Império e às condições precárias das habitações onde o contágio se alastrava. Outras doenças, como a varíola, a tuberculose, as gripes, a rubéola e a peste bubônica, atacavam regularmente a população e os visitantes.
Para enfrentar esses flagelos, foi criado o Instituto de Patologia Experimental de Manguinhos, dirigido pelo médico Oswaldo Gonçalves Cruz (1872-1917), especializado no estudo das doenças transmitidas por insetos. Nesse centro de pesquisas, outro médico sanitarista, Carlos Ribeiro Justiniano Chagas (1879-1934), foi o responsável pelo desenvolvimento de importantes pesquisas na luta contra a malária.
Para o combate ao mosquito transmissor da febre amarela, a Prefeitura criou um novo emprego público, o de mata-mosquitos (agentes que iam de porta em porta visando eliminar possíveis focos). Segundo cita o historiador Delgado de Carvalho, a febre amarela fez 1.634 vítimas em 1901. Em 1908, nenhuma morte foi relacionada à doença. Contudo, as estatísticas que se seguiram mostraram que isso não se estendia às populações mais pobres da capital federal.
O grande desafio para vencer a varíola percorreu um caminho bem mais tumultuado. Em 31 de outubro de 1904, foi aprovado um regulamento impondo a toda a população a vacinação obrigatória, o que resultou na chamada Revolta da Vacina. O povo contou o fato em versos citados pelo historiador Pedro Calmon:
”Meus curiosos senhores,
Vou contar-vos a história
Que os jornais anunciaram
Da vacina obrigatória.
Esse caso que no Rio
Ficou para a eterna memória!”.
