Com a finalidade de "dar favor e ajuda" aos donatários e centralizar administrativamente a organização da colônia, o rei de Portugal resolveu criar, em 1548, o governo-geral. Resgatou dos herdeiros de Francisco Pereira Coutinho a capitania da Bahia de Todos os Santos, transformando-a na primeira capitania real ou da Coroa, sede do governo-geral.
Essa medida não implicou na extinção das capitanias hereditárias e até mesmo outras foram implantadas, como a de Itaparica, em 1556, e a do Recôncavo Baiano, em 1566. No século XVII, continuaram a ser criadas capitanias hereditárias para estimular a ocupação do estado do Maranhão.
Um regimento instituiu o governo-geral. O documento detalhava as funções do novo representante do governo português na colônia. O governador-geral assumiu muitas funções que antes eram desempenhadas pelos donatários. A partir de 1720, os governadores receberam o título de vice-reis. O governo-geral permaneceu até a vinda da família real para o Brasil, em 1808.
Tomé de Sousa, o primeiro governador do Brasil, chegou em 1549 e fundou a cidade de Salvador, a primeira da colônia. Trouxe três ajudantes para ocupar os cargos de: provedor-mor, encarregado das finanças; ouvidor-geral, a maior autoridade da justiça; e o de capitão-mor da costa, encarregado da defesa do litoral. Vieram também padres jesuítas chefiados por Manuel da Nóbrega, encarregados da catequese dos indígenas e de consolidar, através da fé, o domínio do território pela Coroa portuguesa.
O controle da aplicação da justiça e a expansão da fé cristã, ações atribuídas ao governo-geral, eram expressivas em relação ao momento pelo qual passavam as monarquias européias: o absolutismo e os movimentos decorrentes do surgimento do protestantismo.
Em 1551, no governo de Tomé de Sousa, foi criado o 1º Bispado do Brasil, com sede na capitania real, sendo nomeado bispo D. Pero Fernandes Sardinha. Foram também instaladas as Câmaras Municipais, compostas pelos "homens bons": donos de terras, membros das milícias e do clero. Nesse período, ainda foi introduzida, nessa capitania, a criação de gado e instalados engenhos. Com essas medidas, o governo português pretendia reafirmar a soberania e a autoridade da metrópole e consolidar o processo de colonização.
Foi ainda no período do governo de Tomé de Sousa que chegou ao Brasil um considerável número de artesãos. De início, trabalharam na construção da cidade de Salvador e, depois, na instalação de engenhos na região. Eles eram mão de obra especializada tão necessária na colônia que a Coroa lhes ofereceu, caso viessem para o Brasil, isenção de pagamento do dízimo pelo mesmo prazo dado aos colonos.
Os governadores seguintes, Duarte da Costa (1553-1557) e Mem de Sá (1557-1572), reforçaram a defesa das capitanias, fizeram explorações de reconhecimento da terra e tomaram outras medidas no sentido de reafirmar e garantir a colonização. Mas enfrentaram grandes dificuldades: choques com índios e com invasores, especialmente os franceses; conflitos com o bispo e com os próprios jesuítas, que se opunham à escravidão indígena, e entre antigos e novos colonos.
