Tomé de Sousa (1503-1579) foi o primeiro a ocupar um governo-geral (1549 a 1553), em nome da Coroa lusitana. Cruzando as águas atlânticas, aportou em terras ultramarinas em 1549 para cumprir a missão recebida, que incluía enfrentar forasteiros vis e infames, denominados assim pelo Reino de Portugal, os quais desde o descobrimento faziam incursões, pilhando especialmente o pau-brasil retirado da Mata Atlântica.
O governador, então, fundou a cidade de Salvador, a primeira da América portuguesa, localizada em lugar que entendeu conveniente: às margens da Baía de Todos os Santos, centro geográfico do litoral pertencente a Portugal, de acordo com o Tratado de Tordesilhas. Essa posição permitiria, segundo o regimento de Tomé de Sousa, “dar favor e ajuda” às capitanias que necessitassem, como almejava D. João III (1502-1557). Tomé de Sousa instalou engenhos, incentivando a criação de gado, e estabeleceu vilas e cidades, fixando as pessoas nas terras, impedindo e dificultando as incursões da pirataria oficial e da criminosa, que prosseguiam ignorando os termos do acordo celebrado em 1494 entre Portugal e a Espanha.
Enquanto isso acontecia, reafirmando a autoridade lusa e consolidando a aventura da colonização em áreas distantes, nas terras do sul – região correspondente à capitania do Rio de Janeiro –, a desejada e esperada ajuda não acontecia. Alertas não faltaram. Os riscos e as ameaças não cessavam. A presença francesa espalhava-se, confirmando as notícias que o governo português recebia por variada correspondência. A situação era de insegurança nas terras do entorno da Baía de Guanabara, onde, possivelmente, muitos se perguntavam: o que estaria para acontecer?
As dificuldades permaneciam vivas e latentes, sem soluções amplas e eficazes. Os recursos nem sempre eram suficientes, os povos indígenas não eram amistosos, e havia, ainda, a questão da extensão do território. Eram aspectos significativos, que dificultavam ações efetivas naquele mundo ainda tão inexplorado. As administrações seguintes deveriam reforçar a defesa das capitanias, reafirmando o poder de Portugal nas terras ultramarinas. Duarte da Costa (?-1560) foi o segundo indicado para ocupar o governo-geral. Durante sua administração (1553-1558), ocorreram novas incursões de estrangeiros oriundos de monarquias europeias – como os franceses, “incansáveis inimigos de Portugal”, segundo a historiadora Maria Fernanda Bicalho.
