O regente Feijó decidiu restabelecer a ordem na província. Em abril de 1836, mandou ao Grão-Pará uma poderosa esquadra comandada pelo brigadeiro Francisco José de Sousa Soares de Andrea, que conseguiu retomar a capital. Havia na cidade quase unicamente mulheres. No dizer de Raiol, "a cidade despovoada apresentava por toda parte um aspecto sombrio e contristador".
Os cabanos abandonaram outra vez Belém e retiraram-se para o interior, onde resistiram por mais três anos. A situação da província só foi controlada pelas tropas do governo central em 1840. A repressão foi violenta e brutal.
Incapazes de oferecer resistência, os rebeldes foram esmagados. Ao findar o movimento, dos quase 100 mil habitantes do Grão-Pará, cerca de 30 mil – 30% da população – haviam morrido em incidentes criminosos, promovidos por mercenários e pelas tropas governamentais.
Chegava ao fim a Revolta dos Cabanos, que, segundo o historiador Caio Prado Júnior, "foi o mais notável movimento popular do Brasil, (...) o único em que as camadas mais inferiores da população conseguem ocupar o poder de toda uma província com certa estabilidade. Apesar de sua desorientação, da falta de continuidade que o caracteriza, fica-lhe contudo a glória de ter sido a primeira insurreição popular que passou da simples agitação para uma tomada efetiva de poder".
Mas a Cabanagem não foi um fato isolado. Vários outros movimentos ocorreram durante o Período Regencial, levando Feijó a chamá-los de "o vulcão da anarquia".