Em relação aos nativos, a Coroa lusa deparava-se com uma situação nada simples, pois, considerando-os como súditos reais, não deveria escravizá-los. Contudo, uma questão era o que deveria ser; outra, a que necessitava ser.
A produção açucareira, lucrativa, crescia no final do século XVI e início do XVII, carecendo de um grande contingente de mão de obra. Não havia em Portugal grande oferta de trabalhadores em condições de emigrar.
O apogeu da escravidão indígena nos engenhos, especialmente os localizados nas capitanias de Pernambuco e da Bahia, aconteceu entre 1540 e 1570. Portugal, apesar de ter criado, em 1570, uma legislação para proibir a escravização indígena, deixou brechas suficientes na lei para não extingui-la de vez. Se a escravização acontecesse na situação de uma guerra justa, no entendimento dos portugueses, seria um ato lícito. Evitaria que a produção açucareira fosse afetada e, consequentemente, os lucros que ela trazia, tão necessários ao Tesouro real. Fazia-se vista grossa às investidas acontecidas aqui e ali.
O regime de trabalho nos canaviais era estafante e árduo. Influentes representantes da Igreja de Roma nas terras ultramarinas, como os padres jesuítas, pressionaram a Coroa portuguesa. Conseguiram, e isso não era pouco naquele contexto, que os indígenas tivessem folga aos domingos, para que assistissem à missa. Esgotados pelo ritmo de trabalho completamente diverso das suas tradições, preferiam descansar ou ir caçar e pescar, como forma também de suplementar a sua alimentação. Mas, apesar da determinação régia, muitos proprietários de engenho, ignorando o estabelecido, mantiveram o trabalho normalmente aos domingos e dias santos.
Os religiosos da Companhia de Jesus, descontentes, intensificaram as ações contra a escravidão indígena. Promoveram um intenso programa de catequização nos pequenos povoados e nas aldeias, nas regiões próximas aos engenhos – não sem intenções ou interesses. A necessidade de mão de obra, que os colonizadores europeus entendiam como mais robusta, para abastecer o trabalho relacionado à produção do açúcar (voltado à exportação), resultou na presença da escravidão africana nos canaviais e nos engenhos a partir da segunda metade do século XVII.
