Além da representação sobre a escravidão no Brasil, José Bonifácio apresentou os Apontamentos para a Civilização dos Índios Bravos do Império do Brasil, um projeto de integração dos índios à sociedade nacional. "Vou tratar do modo de catequizar e aldear os índios bravos do Brasil: matéria esta de suma importância, mas ao mesmo tempo de grandes dificuldades na sua execução."
José Bonifácio acreditava que essa integração seria feita através da mestiçagem, que possibilitaria o surgimento de uma nova raça e a criação de uma cultura comum, na qual prevaleceria o elemento branco e civilizador. Para isso, o governo deveria "favorecer por todos os meios possíveis os casamentos entre índios, brancos e homens de cor".
Podemos dizer que José Bonifácio foi o precursor da reforma agrária, visto que, nos seus Apontamentos sobre as Sesmarias, defendia a restrição aos grandes latifúndios e incentivava a pequena e média propriedade. Além disso, como cientista e preocupado com a destruição das matas, foi o autor da primeira lei obrigando o reflorestamento de áreas desmatadas, que hoje conceituamos como ambientalismo.
A defesa da reforma agrária feita por José Bonifácio é muito semelhante às discussões que até hoje são travadas sobre o assunto. Suas propostas reformistas abrangiam temas que ainda permanecem sem solução, tais como: a administração de educação básica para todos, a má distribuição da terra, a expansão dos direitos reais de cidadania e a garantia de inclusão social de todos os brasileiros, entre outros.
Em julho de 1823, pouco mais de um ano após ter assumido o cargo de ministro de D. Pedro, José Bonifácio demitia-se. Caía o Ministério dos Andradas. Bonifácio assumiu seu lugar como deputado na Assembleia Constituinte. Pelo jornal O Tamoio, passou a atacar os portugueses, o imperador e sua amante, Domitila de Castro e Melo, que D. Pedro fizera Marquesa de Santos, para provocar os Andradas. Em 12 de novembro de 1823, quando da dissolução da Assembleia, José Bonifácio e seus irmãos foram presos e exilados do Brasil.
José Bonifácio viveu na França por quase seis anos. Em 1829, retornou ao Brasil, reconciliando-se com D. Pedro. Voltou à política e foi eleito suplente de deputado pela Bahia, em 1831. Nesse mesmo ano, o imperador abdicou do trono e deixou o país, nomeando José Bonifácio tutor de seu filho e herdeiro D. Pedro de Alcântara, na época com 5 anos de idade. No último decreto que assinou, D. Pedro referiu-se "ao muito probo, honrado e patriótico cidadão José Bonifácio de Andrada e Silva, meu verdadeiro amigo".
Em 1832, o padre Diogo Antônio Feijó, ministro da Justiça, seu antigo inimigo, exigiu que a Câmara afastasse José Bonifácio da tutoria, alegando que ele estava envolvido em um levante contra o governo. A Câmara concordou, mas o Senado o manteve no cargo. Entretanto, em 1833, um decreto da Regência o afastou das funções de tutor. Aos 70 anos, José Bonifácio foi afastado da política e confinado em sua casa de Paquetá, na condição de preso por conspiração e perturbação da ordem pública. Julgado à revelia, foi absolvido em março de 1835.
