Nos aldeamentos jesuíticos, tendo como norte a ideia do serviço da fé, os nativos eram educados para viver como cristãos, o que significava a imposição de outra cultura. Por meio dessa ação, além da diferença quanto às crenças religiosas, violentavam-se aspectos fundamentais na vida e no comportamento dos índios. Um exemplo era o trabalho na lavoura, que consideravam uma atividade exclusivamente feminina. A atuação da Companhia de Jesus, como a de outras ordens religiosas, nas terras dos tupinambás, relacionava-se diretamente às suas concepções missionárias. Como uma missão piedosa, desejavam transformar os índios pagãos em bons cristãos – tarefa nada fácil, que demandava um grande esforço de convencimento, segundo os representantes da Igreja de Roma.
Ao mesmo tempo, esses religiosos, recorrendo ao uso da mão de obra nativa, impulsionaram a ocupação territorial e a expansão demográfica da área que compunha, por exemplo, a capitania do Rio de Janeiro. Essa região, depois da fundação da cidade e da expulsão dos franceses, foi em definitivo ocupada pelos portugueses.
Os índios, diante da ação da Companhia de Jesus nas terras da América portuguesa, mesmo enfrentando as dificuldades e as diferenças nos artefatos de guerra, lutaram pelas terras em que viviam e pela liberdade que, repentinamente, lhes era arrebatada. Resistiram às formas de sujeição, ora pela guerra, ora pela fuga, ou pela insistente recusa ao trabalho imposto.
Conhecedores da Mata Atlântica, levavam vantagem considerável, mas uma imensa desvantagem frente às doenças, como sarampo, varíola ou gripe, para as quais não tinham desenvolvido imunidade biológica. Estudos apontam que, entre 1562 e 1563, morreram mais de 60 mil nativos em razão das epidemias. Não por acaso, ouviam-se no Reino os ecos de resmungos vindos da América portuguesa. Portugueses e índios nem sempre eram bons amigos.
