Apesar do empenho em contrário das autoridades portuguesas, as "infames ideias francesas" não demoraram a atravessar o Atlântico. Ao Porto de Salvador, o mais movimentado no período colonial, chegavam os novos ideais. O governo português tentava impedir a entrada de livros contendo as ideias revolucionárias, mas, apesar de toda a vigilância, livros, folhetos e documentos circulavam clandestinamente, algumas vezes trazidos por estudantes brasileiros que retornavam de estudos em universidades da Europa.
Em 1796, a estadia do francês Larcher na Bahia contribuiu para a difusão das ideias revolucionárias. Encarregado de vigiá-lo, o tenente Hermógenes de Aguilar Pantoja, além de aderir a seus ideais, apresentou-o a baianos ilustres. Nos serões realizados na casa do farmacêutico João Ladislau Figueiredo e Melo, na Barra, Larcher discutia o pensamento dos filósofos iluministas com o padre Francisco Agostinho Gomes, com o senhor de engenho Inácio Siqueira Bulcão, com o cirurgião Cipriano Barata, com o professor e poeta Francisco Muniz Barreto e outros membros da sociedade baiana.
No ano seguinte, em julho, na mesma casa em que ocorreram as reuniões com Larcher, foi fundada a loja maçônica Cavaleiros da Luz, onde eram lidos os livros de Rousseau e outras obras de iluministas franceses. A maçonaria, sociedade política surgida na Europa na segunda metade do século XVIII, divulgava as ideias liberais visando combater os princípios absolutistas e mercantilistas.
Na América, as lojas maçônicas, além de difundir as ideias francesas, contribuíram para a descolonização. Aliadas aos interesses das elites descontentes com a metrópole, elas desempenharam papel libertador, incentivando as lutas pela independência.
A princípio, essas ideias circulavam apenas entre os letrados, mas logo começaram a se propagar entre as camadas mais humildes da população, como soldados, alfaiates, mulatos, negros escravos ou libertos. Para essa população, vítima de preconceito racial e sujeita a muitas restrições que a impediam de ocupar determinados cargos e de ascender socialmente, os ideais republicanos tiveram profunda repercussão. Enquanto a elite intelectual conspirava em suas casas e em sociedades secretas, os homens pobres o faziam murmurando nas ruas. Por meio de manuscritos contendo a tradução dos livros dos enciclopedistas franceses, de boletins e de conversas, as novas ideias espalhavam-se.
Aos poucos, o movimento escapou das mãos da elite, adquirindo um caráter popular e social. A marca popular diferenciou a Conjuração Baiana da Mineira. Os alfaiates João de Deus do Nascimento e Manuel Faustino dos Santos, aliados aos soldados Lucas Dantas de Amorim e Luís Gonzaga das Virgens, passaram a pregar a república, que traria a igualdade para todos. A monarquia significava opressão, como afirmava um dos boletins em que os conjurados diziam: "Povo que viveis flagelados com o pleno poder do indigno coroado, esse mesmo rei que vós criastes; esse mesmo rei tirano é o que se firma no trono para vos veixar, para vos roubar e para vos maltratar".
No entanto, as ideias de liberdade e de igualdade não eram vistas da mesma maneira por todos os envolvidos na Conjuração. Para a elite branca colonial, liberdade significava o não pagamento de tributos, o fim do monopólio comercial e a independência em relação a Portugal. Membros da classe proprietária de escravos e de terras desejavam o fim da escravidão, retraindo-se à medida que a ideia de uma república igualitária crescia entre as camadas pobres. Notícias da revolução no Haiti, onde a luta passara dos colonos europeus aos mestiços e negros, assustaram os grandes proprietários, ainda mais que, na Bahia, a população de cor negra correspondia a 80% dos habitantes da capitania. Para a massa popular, a liberdade era a igualdade de direitos para todos, o fim do preconceito de raça e cor e dos privilégios. Segundo o historiador István Jancsó, "a liberdade era tida por condição de igualdade", o que implicava no fim da escravidão e da subordinação colonial.
A igualdade de direitos para todos, aspiração dos conjurados baianos, aparece em vários escritos, como, por exemplo, no ofício enviado ao governo pelo soldado Luís Gonzaga das Virgens, preterido numa promoção: "O suplicante é um indivíduo da classe dos referidos desgraçados, tem a mágoa, a mágoa inconsolável, de ver subir aqueles que nada mais têm que a cor branca".
