Cristóvão Jacques comandou as duas Expedições Guarda-Costas organizadas pela Coroa, a primeira em 1516 e a segunda em 1526. Ambas mostraram-se insuficientes para combater o contrabando e a constante ameaça de ocupação estrangeira, diante da vasta extensão do litoral. O historiador brasileiro Capistrano de Abreu ressaltou outra grande dificuldade: as alianças feitas entre os europeus e os indígenas. Os tupinambás se aliavam, com frequência, aos franceses, e os portugueses tinham ao seu lado os tupiniquins. E, segundo Capistrano, "durante anos ficou indeciso se o Brasil ficaria pertencendo aos Peró (portugueses) ou aos Mair (franceses)".
Entretanto, a existência de sobreviventes de naufrágios, degredados e desterrados portugueses no Brasil, além de favorecer o contato com os índios, facilitou a defesa e a ocupação da terra. Esses homens, que teriam chegado com as primeiras viagens e permanecido pelas mais diversas razões, já estavam adaptados às condições físicas e sociais do território e ao modo indígena de viver. Alguns deles sucumbiram ao meio, a ponto de furar lábios e orelhas, matar prisioneiros segundo os ritos nativos e alimentar-se de sua carne. Acreditavam nos mitos existentes, incorporando-os à sua maneira de viver, como é o caso daquele homem que passou a se julgar um tamanduá. Enfurnava-se, de quatro, em todos os buracos, à cata de formigas, seu alimento predileto. Outros, ao contrário, revoltaram-se e impuseram sua vontade, como o Bacharel de Cananeia. Havia, ainda, tipos intermediários, que conviviam com os nativos e com eles estabeleciam laços familiares. Casavam e tinham filhos com as índias, constituindo, na maioria das vezes, numerosa família, composta de várias mulheres e de um grande número de filhos mamelucos.
