A ocupação do vasto território – o sertão – tinha como ponto de partida a criação de núcleos urbanos: vilas e cidades coloniais.
Foi assim desde a primeira vez, em 1532, com a expedição de Martim Afonso de Sousa. Ao chegar ao Porto de São Vicente – ponto de interseção da costa do pau-brasil e da costa do ouro e da prata, o capitão fundou, em 22 de janeiro, a primeira vila portuguesa na América: São Vicente. Pouco tempo depois, fundou outra, "nove léguas dentro pelo sertão, a borda de um rio que se chama Piratininga", conforme anotou seu irmão, Pero Lopes de Sousa, no Diário da Navegação. Martim Afonso de Sousa cumpriu o principal objetivo de sua expedição: iniciar a colonização do litoral para melhor defendê-lo das incursões estrangeiras. O capitão repartiu os homens que o acompanhavam pelas duas vilas inauguradas. Logo após, distribuiu sementes, cabeças de gado, instrumentos agrícolas e lotes de terra, as sesmarias. Nomeou autoridades e impôs a justiça régia.
Da mesma forma ocorreu entre 1534 e 1536, quando Dom João III criou o sistema de capitanias hereditárias. Na Carta de Doação, o rei determinava aos donatários ou capitães-generais a fundação, nas capitanias, de vilas que deveriam possuir "termo e jurisdição, liberdades e insígnias de vilas, segundo foro e costumes de meus Reinos". Duarte Coelho, donatário da capitania de Pernambuco, ergueu cinco povoações, depois representadas em seu brasão. Apenas três ficaram conhecidas: Igaraçu, Olinda e Paratibe.
Foi ainda assim em 1548, quando Dom João III instituiu o governo-geral. Tomé de Sousa, escolhido para exercer o cargo de governador, recebeu o regimento que ordenava que fosse feita "uma povoação grande e forte em um lugar conveniente, para daí se dar favor e ajuda às outras povoações". A "povoação grande e forte" seria Salvador, a primeira cidade brasileira, inaugurada de forma solene em 1º de novembro de 1549. Localizada na capitania da Bahia de Todos os Santos, foi comprada dos herdeiros do antigo donatário pelo rei, para ser a sede do novo governo.
São Vicente, Olinda, Igaraçu, Salvador, Rio de Janeiro, Filipeia de Nossa Senhora das Neves e as demais cidades surgidas nos primeiros tempos de colonização eram núcleos pequenos. Além das casas dos poucos moradores, apenas se destacavam a igreja, a sede da Câmara Municipal e a Cadeia. Em todas estava presente o pelourinho: coluna de madeira ou pedra, colocada em praça ou lugar público, simbolizando a autoridade e a justiça régias. Em alguns núcleos encontravam-se o forte, o colégio dos jesuítas e a santa casa da misericórdia. Essas construções representavam monumentos da conquista empreendida pelos colonizadores, expressando a ordem do Império e da Fé que ia sendo imposta.
As cidades e vilas coloniais nem sempre possuíam muralhas de defesa. As que existiam eram de madeira ou de palha, bastante vulneráveis e prontas para remoção quando havia expansão ou mudança do núcleo. Em nada se pareciam com as muralhas das antigas e medievais cidades da Europa, cujas pesadas portas, abertas durante o dia, davam passagem aos forasteiros e às mercadorias que chegavam de regiões próximas ou longínquas.
Mesmo nesses núcleos sem muralhas, duas "portas" marcavam a existência cotidiana dos habitantes. Por uma delas, sempre aberta para o exterior, em especial para o Reino português, chegavam coisas e pessoas necessárias à difusão da Fé e à construção do Império. Eram religiosos, funcionários régios e escravos negros africanos. Por essa mesma porta saíam riquezas geradas pela colonização, súditos e fiéis que se dirigiam ao Reino. A outra porta abria-se para o sertão. Por ela passavam tudo e todos cuja missão era preencher aquele imenso vazio. Ao mesmo tempo, entravam, sobretudo, atração e medo.
