A primeira substituição, em larga escala, da vegetação nativa da floresta (desflorestamento) para plantio do café ocorreu nas encostas da Serra da Carioca. Existia a crença de que se o café fosse plantado em mata virgem teria um melhor desenvolvimento. Naquelas regiões mais altas se conjugavam e se associavam aspectos favoráveis: pela manhã e pela noite, o frescor das temperaturas tropicais e os raios solares, aliados à umidade das chuvas e dos solos. Tais características somadas resultaram em um bom rendimento dos arbustos ali cultivados.
A Coffea arabica leva, aproximadamente, quatro anos para se desenvolver, permanecendo produtiva por cerca de 30 anos. E, quanto mais as plantações avançavam, ocupando novas áreas, mais as áreas nativas ficavam devastadas. Esse desmatamento, segundo o geógrafo José Augusto Drummond, afetou “o futuro da cafeicultura no Rio de Janeiro, que (...) silenciosamente assinou a sentença de morte das montanhas florestadas no estado”.
Para a Mata Atlântica, consolidada em milhares de anos, a introdução e expansão cafeeira significou uma ameaça mais forte do que qualquer outra intervenção humana anterior na natureza, desde o tempo dos canaviais e dos engenhos. A cafeicultura também resultou na queda da disponibilidade de água potável a ser distribuída para a população do Rio de Janeiro. A questão hídrica, que desde a fundação da cidade sempre representou um problema em busca de solução, tornou-se mais urgente diante do intenso desflorestamento, alterando, inclusive, o regime de chuvas no Rio.
