A grande quantidade de índios atraiu os jesuítas para a capitania de São Vicente, não só com o fim de catequizá-los, mas também de estabelecer uma base de onde partiriam as expedições missionárias para o sertão.
Em 1554, 13 jesuítas, entre os quais José de Anchieta, enviados pelo padre Manuel da Nóbrega, fundaram no planalto um colégio que daria origem à Vila de São Paulo. No dia 25 de janeiro foi celebrada uma missa e, por ser o dia da conversão do apóstolo São Paulo, o colégio recebeu seu nome. Na verdade, o Colégio de São Paulo era uma construção rústica que servia também como moradia dos padres.
Situado no alto de uma colina – onde hoje se localiza o Pátio do Colégio, no centro da cidade de São Paulo –, ocupava posição estratégica, o que favorecia a defesa contra os ataques indígenas.
Tão bem situado estava que, em 1560, o governador-geral Mem de Sá ordenou a transferência dos habitantes de Santo André da Borda do Campo para a povoação do colégio. No ano seguinte, 1561, São Paulo foi elevado a vila.
Depois de instalados, os jesuítas começaram imediatamente a catequese. Segundo o padre José de Anchieta, "cerca de 130 índios de todo sexo foram chamados para o catequismo e 36 para o batismo, os quais são todos instruídos na doutrina, repetindo orações em português e na própria língua".
As crianças (curumins) aprendiam a ler, escrever e os "bons costumes pertencentes à política cristã". Os curumins aprendiam depressa e recebiam atenção especial dos padres, que acreditavam poder, através deles, alcançar as "almas" adultas.
Apesar de não terem sido os primeiros religiosos a se instalar na colônia, os jesuítas exerceram enorme influência na vida colonial. Receberam total apoio da Coroa portuguesa, não só para converter os gentios à fé católica, como também para protegê-los do cativeiro.
O projeto jesuítico consistia na formação de aldeamentos que também forneceriam mão de obra livre e assalariada aos colonos. Inicialmente, os aldeamentos foram aprovados pela Coroa, pelos colonos e pelos jesuítas. No entanto, a presença cada vez maior de colonos no planalto fez com que seus interesses entrassem em choque com os dos jesuítas.
Queixas tornaram-se frequentes. Os colonos alegavam que a quantidade de índios fornecidos pelos aldeamentos era insuficiente, que muitos se recusavam a trabalhar para eles e, por fim, não desejavam ter os jesuítas como intermediários, preferindo se relacionar diretamente com os indígenas. Passaram, então, a escravizar os nativos que capturavam, provocando protestos dos jesuítas e do próprio rei.
Inúmeras vezes os paulistas rebelaram-se contra a intromissão da Coroa na captura dos índios, e os jesuítas chegaram a ser expulsos da vila, só retornando a São Paulo em 1653. Sem condições para adquirir o escravo africano, que era muito caro, precisavam utilizar o trabalho forçado do índio em sua economia de subsistência.
Em 1570, uma Carta Régia tentou regulamentar os cativeiros feitos nas chamadas "guerras justas", que deveriam ser autorizadas pelo rei ou pelo governador. Na prática, essa lei significou a liberação do tráfico dos índios, pois tornava-se muito difícil distinguir uma "guerra justa" de uma outra.
