A partir da instalação do regime republicano, o governo provisório recém-estabelecido e conduzido pelo marechal Manuel Deodoro da Fonseca (1827-1892) devotou uma atenção especial ao espaço do Rio de Janeiro, então Distrito Federal. A cidade, antes capital do Império, se tornou o objeto central dos cuidados institucionais dos responsáveis pela nova ordem política. Uma vez deposta a monarquia, com seus símbolos apagados rapidamente, era necessário regulamentar o estatuto político para a antiga Corte. Nesse sentido, optou-se por, de alguma forma, dar solução de continuidade, mantendo a cidade como um pilar da administração e da consolidação da política nacional, da mesma forma que aconteceu no tempo das Regências e durante todo o Segundo Reinado.
Enquanto a República não formulava sua nova Carta Constitucional, o primeiro ato do regime republicano – o Decreto de número 1, de 15 de novembro de 1889 – colocou, mesmo que provisoriamente, o território do Município Neutro como sede dos poderes federais.
Depois de a Constituição ter sido elaborada e promulgada (25 de fevereiro de 1891), e após propostas e debates, foi aprovada a Lei Orgânica do Distrito Federal, em 20 de setembro de 1892. Criou-se o cargo de prefeito do Distrito Federal – chefe do poder Executivo municipal –, a ser escolhido pelo presidente da República. Os membros do Legislativo foram eleitos diretamente pela população masculina, alfabetizada e maior de 21 anos, por meio do voto não secreto. O Distrito Federal não tinha mais vínculo com a antiga província do Rio de Janeiro, transformada em estado do Rio de Janeiro, tendo como capital a cidade de Niterói. A permanência e as ações do prefeito, nomeado da forma que era e referendado pelo Senado, dependiam da vontade presidencial.
A administração de inúmeros serviços urbanos, o abastecimento de água e a rede de esgotos ficaram sob o controle federal. A polícia militar estava subordinada ao Ministério da Guerra, e a civil, ao Ministério da Justiça, que também atuava na esfera da Justiça Municipal. Dessa forma, segundo o modelo da Lei Orgânica de 1892, reduzia-se a possibilidade, no campo político, de o Distrito Federal se auto-organizar.
Nesse sentido, onde a intervenção do governo federal se faz clara, o Rio de Janeiro não apenas representava a nação, mas a nação se expressava “também no espaço da capital, com sua vida política e administrativa irremediavelmente atrelada à esfera nacional. Qualquer questão local passaria a exigir uma intervenção de âmbito federal, assim como as questões de caráter federal acabariam por ser lançadas por sobre e resolvidas no espaço do Distrito Federal, o autêntico palco da política nacional”, segundo palavras do historiador Carlos Eduardo Sarmento.
A cidade, sede do governo federal, ocupou, então, um lugar ambíguo na federação brasileira. Se por um lado sua função administrativa, subordinada às vontades e aos interesses do governo federal, era realçada, por outro, com base na politização de seu espaço, sua autonomia estava presente.